Stasiun Pekalongan (PK) merupakan stasiun kereta api kelas I yang terletak di Jl. Gajah Mada, Bendan,Pekalongan Barat, Pekalongan. Stasiun yang terletak pada ketinggian +4 m ini berada di bawah manajemen Daerah Operasi IV Semarang.
Stasiun ini pertama kali dibuka untuk umum pada tanggal 1 Februari 1899. Pembukaan itu bersamaan dengan peresmian lintas seksi terakhir Pekalongan-Pemalang sejauh 33,8 km dari total keseluruhan pembangunan jalur trem uap Cirebon-Pekalongan-Semarang.
Awalnya, atau sekitar tahun 1899-1919, desain Stasiun Pekalongan cukup sederhana. Perusahaan trem Stoomtram Maatschappij (SCS) yang membangun stasiun ini lebih mengutamakan fungsi bangunan tanpa adanya ukiran-ukiran atau ornamen unik lainnya. Stasiun Pekalongan juga hanya terdiri dari bangunan utama, yaitu ruang administrasi yang terbuat dari bangunan bata sederhana dengan atap genteng dan kanopi tang kayu sebagai tempat penumpang dan bongkar muat.
Lalu, bersamaan dengan proyek peningkatan jalan trem Cirebon-Pekalongan-Semarang menjadi jalur kereta api (1912-1921), Stasiun Pekalongan mendapat renovasi besar-besaran. Kanopi yang menaungi peron penumpang dibuat dengan bahan genteng merah. Sementara, tutupan samping kanopi, meski tidak berubah bentuk, tetapi ditambah dengan delapan belas jendela kotak kaca sebagai ventilasi cahaya. Bangunan baru ini pun diresmikan pada tahun 1919.
Dulunya, di stasiun ini terdapat jalur kereta api ke Kedungwuni hingga Wonopringgo. Namun, jalur itu dibongkar oleh pasukan Jepang saat Perang Dunia II. Selain itu, ada juga jalur kereta api ke Pelabuhan Pekalongan yang juga sudah tidak aktif.
Saat ini, Stasiun Pekalongan sudah dilengkapi dengan beberapa fasilitas seperti loket pembelian tiket, mesin Cetak Tiket Mandiri (CTM), ruang tunggu bagi para penumpang, musala, serta toilet. Kereta api yang beroperasi di stasiun ini antara lain:
- Argo Bromo Anggrek Pagi: ke Surabaya Pasar Turi dan Jakarta Gambir (Argo Bromo Anggrek Malam tidak berhenti di stasiun ini).
- Argo Muria: ke Semarang Tawang dan Jakarta Gambir.
- Argo Sindoro: ke Semarang Tawang dan Jakarta Gambir.
- Sembrani: ke Surabaya Pasar Turi dan Jakarta Gambir.
- Harina: ke Surabaya Pasar Turi dan Bandung.
- Bangunkarta: ke Surabaya Gubeng dan Jakarta Gambir.
- Gumarang: ke Surabaya Pasar Turi dan Jakarta Pasar Senen.
- Menoreh: ke Semarang Tawang dan Jakarta Pasar Senen.
- Tawang Jaya: ke Semarang Poncol dan Jakarta Pasar Senen.
- Kertajaya: ke Surabaya Pasar Turi dan Jakarta Pasar Senen.
- Matarmaja: ke Malang dan Jakarta Pasar Senen.
- Brantas: ke Jakarta Pasar Senen dan Kediri.
- Majapahit: ke Jakarta Pasar Senen dan Malang.
- Kaligung Mas: ke Tegal dan Semarang Tawang.
- Kamandaka: ke Stasiun Purwokerto dan Semarang Tawang.
- Jayabaya: ke Jakarta Pasar Senen dan Malang via Surabaya Pasar Turi.
Berikut jadwal kereta api di Stasiun Pekalongan berdasarkan GAPEKA 2015.
| No KA | KA | Tujuan | Kelas | Tiba | Berangkat |
| 48 | Sembrani | Surabaya Pasar Turi (SBI) | Eksekutif Satwa | 00.01 | 00.06 |
| 158 | Menoreh | Semarang Tawang (SMT) | Ekonomi | 00.48 | 00.53 |
| 177 | Kertajaya | Jakarta Pasar Senen (PSE) | Ekonomi | 03.12 | 03.16 |
| 75 | Harina | Surabaya Pasar Turi (SBI) | Eksekutif & Bisnis | 03.43 | 03.48 |
| 202 | Tawang Jaya | Semarang Poncol (SMC) | Ekonomi | 04.22 | 04.27 |
| 171 | Matarmaja | Jakarta Pasar Senen (PSE) | Ekonomi | 04.13 | 04.19 |
| 149 | Majapahit | Jakarta Pasar Senen (PSE) | Ekonomi | 04.48 | 04.54 |
| 430 | Kaligung Mas | Semarang Poncol (SMC) | Ekonomi | 05.52 | 05.57 |
| 235 | Kamandaka | Purwokerto (PWT) | Ekonomi | 06.39 | 06.45 |
| 11 | Argo Sindoro | Jakarta Gambir (GMR) | Eksekutif Argo | 07.13 | 07.18 |
| 431 | Kaligung Mas | Tegal (TG) | Ekonomi | 07.46 | 07.50 |
| 229 | Kamandaka | Semarang Tawang (SMT) | Ekonomi | 08.00 | 08.06 |
| 157 | Menoreh | Jakarta Pasar Senen (PSE) | Ekonomi | 09.23 | 09.28 |
| 432 | Kaligung Mas | Semarang Poncol (SMC) | Ekonomi | 10.19 | 10.25 |
| 429 | Kaligung Mas | Tegal (TG) | Ekonomi | 10.33 | 10.38 |
| 14 | Argo Muria | Semarang Tawang (SMT) | Eksekutif Argo | 11.38 | 11.43 |
| 160 | Menoreh | Semarang Tawang (SMT) | Ekonomi | 12.15 | 12.21 |
| 1 | Argo Bromo Anggrek | Jakarta Gambir (GMR) | Eksekutif Argo | 12.39 | 12.43 |
| 231 | Kamandaka | Purwokerto (PWT) | Ekonomi | 12.56 | 13.02 |
| 428 | Kaligung Mas | Semarang Poncol (SMC) | Ekonomi | 13.14 | 13.18 |
| 2 | Argo Bromo Anggrek | Surabaya Pasar Turi (SBI) | Eksekutif Argo | 13.46 | 13.50 |
| 233 | Kamandaka | Semarang Tawang (SMT) | Ekonomi | 14.10 | 14.15 |
| 433 | Kaligung Mas | Tegal (TG) | Ekonomi | 14.13 | 14.17 |
| 201 | Tawang Jaya | Jakarta Pasar Senen (PSE) | Ekonomi | 15.22 | 15.25 |
| 152 | Jayabaya | Malang (ML) | Ekonomi | 17.02 | 17.07 |
| 13 | Argo Muria | Jakarta Gambir (GMR) | Eksekutif Argo | 17.13 | 17.18 |
| 427 | Kaligung Mas | Tegal (TG) | Ekonomi | 17.56 | 18.01 |
| 434 | Kaligung Mas | Semarang Poncol (SMC) | Ekonomi | 17.59 | 18.03 |
| 239 | Kamandaka | Purwokerto (PWT) | Ekonomi | 19.05 | 19.09 |
| 178 | Kertajaya | Surabaya Pasar Turi (SBI) | Ekonomi | 19.11 | 19.18 |
| 56 | Bangunkarta | Surabaya Gubeng (SGU) | Eksekutif Satwa | 19.53 | 20.03 |
| 151 | Jayabaya | Jakarta Pasar Senen (PSE) | Ekonomi | 19.59 | 20.05 |
| 172 | Matarmaja | Malang (ML) | Ekonomi | 20.17 | 20.26 |
| 237 | Kamandaka | Semarang Tawang (SMT) | Ekonomi | 20.39 | 20.41 |
| 175 | Brantas | Jakarta Pasar Senen (PSE) | Ekonomi | 20.50 | 20.56 |
| 12 | Argo Sindoro | Semarang Tawang (SMT) | Eksekutif Argo | 20.54 | 21.00 |
| 78 | Gumarang | Surabaya Pasar Turi (SBI) | Eksekutif & Bisnis | 21.14 | 21.21 |
| 77 | Gumarang | Jakarta Pasar Senen (PSE) | Eksekutif & Bisnis | 21.28 | 21.33 |
| 176 | Brantas | Kediri (KD) | Ekonomi | 21.31 | 21.40 |
| 73 | Harina | Bandung (BD) | Eksekutif & Bisnis | 22.06 | 22.12 |
| 159 | Menoreh | Jakarta Pasar Senen (PSE) | Ekonomi | 22.23 | 22.28 |
| 150 | Majapahit | Malang (ML) | Ekonomi | 23.16 | 23.23 |
| 47 | Sembrani | Jakarta Gambir (GMR) | Eksekutif Satwa | 23.21 | 23.29 |
| 55 | Bangunkarta | Jakarta Gambir (GMR) | Eksekutif Satwa | 23.45 | 23.50 |
